一体化污水处理设备安装调试后可进行系统试，即培养填料上的生物膜，污水泵安额定的流量把污水抽入设备内，启动风机进行曝气，每天观察接触池内填料的情况，如填料上长出橙黄或黑色的膜，表明生物膜以培育好，这一过程一般需要7-15天。如果是工业污水处理设备，最好先用生活污水处理培养昊生物膜后再逐渐进行工业污水进行生物膜驯。

一体化污水处理设备一般为全自动控制或无动力型，不需要配备专门的管理人员。

对于地埋式一体化污水处理设备，在运行过程中保证下雨不积水，设备上方不得放大型的车辆，设备一般不能抽空内部的污水，以防地下水把设备浮起。

一体化污水处理设备安装后，必须建立一套定期维护制度。